La caldeira traversée par la flotte de voiliers de Santorin est la gorge engloutie d'un volcan qui a perdu environ 60 kilomètres cubes de lui-même en quelques jours. Vers 1600 av. J.-C., l'éruption minoenne a vidé la chambre magmatique sous l'ancienne Théra, et le centre de l'île s'est effondré dans la mer.
Les meilleures excursions en catamaran à Santorin traversent désormais ce vide — un bassin inondé d'environ 12 kilomètres de long et 7 kilomètres de large, avec des eaux atteignant 390 mètres de profondeur. Les falaises au-dessus se lisent comme une coupe transversale : lave sombre au niveau de la ligne de flottaison, pierre ponce pâle plus haut, une calotte de cendres blanches déposée à la fin.
Sous ces cendres se trouve Akrotiri, une ville de l'âge du bronze aux maisons de deux ou trois étages avec des rues pavées et des conduites de drainage en argile, systématiquement fouillée à partir de 1967 sous Spyridon Marinatos. Aucun reste humain n'y a été trouvé. La population semble avoir interprété les secousses d'avertissement et être partie. Des fresques de cueilleurs de safran et de singes bleus ont survécu sous vingt mètres de pierre ponce. Les cendres de la même éruption sont encore utilisées par les archéologues pour dater les sites de la Crète au delta du Nil.
Le volcan n'en avait pas fini. Nea Kameni, l'îlot noir au centre de la caldeira, s'est développé par étapes entre 1707 et 1711, puis de 1866 à 1870, et est entré en éruption pour la dernière fois en 1950. Les sources sulfureuses au large de la voisine Palea Kameni colorent les bas-fonds d'un orange rouille et réchauffent l'eau de plusieurs degrés. Les détenteurs de billets pour la meilleure croisière en catamaran à Santorin sont, en fait, installés au-dessus d'un évent actif : le fond marin ici continue de monter et de descendre de quelques centimètres chaque décennie, suivi par des stations GPS installées le long du rebord.
Vlychada, sur la côte sud, est arrivée tardivement dans tout cela. La baie servait une usine de transformation de tomates construite en 1945, lorsque l'île exportait de la pâte plutôt que des passagers ; l'usine a fermé en 1981 et sa coque en pierre abrite désormais un musée. Le vent a taillé la pierre ponce derrière la marina en côtes pâles et en creux qui semblent sculptés plutôt qu'érodés. Pendant la majeure partie de l'histoire de l'île, il n'y avait pas de port digne de ce nom — le fret était débarqué à Skala Fira et remonté la falaise à dos de mule. Aujourd'hui, une excursion à la voile dans la caldeira de Santorin part d'un bassin dragué et protégé par une jetée à peine plus vieux que la mémoire vivante, et la ligne que trace la meilleure croisière en catamaran à Santorin devant la Plage Rouge, la Plage Blanche et Thirassia est une lecture de cette même géologie depuis l'eau.
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