Vers 1600 av. J.-C., l'éruption minoenne a projeté environ soixante kilomètres cubes de magma dans le ciel et a vidé la chambre magmatique sous l'île ; le toit du volcan s'est ensuite effondré dans la mer.
Ce qui subsiste est la caldeira de Santorin — un cratère inondé d'environ douze kilomètres de diamètre, avec une eau profonde de plus de trois cents mètres par endroits. Des falaises de pierre ponce et de scories rouges s'élèvent encore de trois cents mètres au-dessus de la surface. Une excursion en catamaran à Santorin au départ du port de croisière commence donc à l'intérieur d'une montagne effondrée, et non à côté.
Le vieux port de Fira se trouve au pied de ce mur, à Fira 847 00, une étroite bande de quai sans connexion routière avec la ville située au-dessus. L'accès se fait par 588 marches taillées en lacets à travers les scories, à dos de mule le long du même sentier, ou par le téléphérique financé par la famille Nomikos et inauguré en 1979. Les passagers munis de billets pour une excursion en catamaran à Santorin au départ du port de croisière descendent la même paroi rocheuse que les équipages de fret utilisaient pendant la majeure partie du XXe siècle, avant que le trafic de marchandises et de ferries de l'île ne se déplace vers le sud à Athinios. Le port ne facture aucuns frais d'entrée ; ce n'était jamais une ville, seulement un débarcadère.
L'eau au-delà est la raison pour laquelle le port est toujours important. Deux îlots sombres, Palea Kameni et Nea Kameni, se situent au centre de la caldeira. Ils sont l'œuvre la plus récente du volcan, soulevés par des éruptions enregistrées à partir de 197 av. J.-C., Nea Kameni ayant émergé entre 1707 et 1711 et s'étant évaporé pour la dernière fois en 1950. Des sources riches en fer colorent les hauts-fonds au large de Palea Kameni d'un orange rouille. De l'autre côté du bassin, Thirassia a été séparée de l'île principale par le même effondrement, et Aspronisi subsiste comme une mince couche de cendre blanche.
Les excursions à la voile dans la caldeira retracent cette géologie directement. La côte sud, en dehors du bord du cratère, abrite la Red Beach sous sa falaise oxydée et la White Beach sous un tuf pâle — toutes deux essentiellement accessibles uniquement depuis l'eau. Les catamarans, au tirant d'eau peu profond et stables sous voile, sillonnent ces criques où les coques plus profondes ne peuvent pas aller. Les voyageurs qui envisagent des excursions en catamaran à Santorin au départ du port de croisière choisissent, en pratique, entre des itinéraires à travers un volcan englouti : les cratères de Kameni, les hauts-fonds chauffés par le soufre, le bord occidental où les terrasses d'Oia capturent la dernière lumière. La caldeira de Santorin n'est pas un paysage disposé autour d'un port. C'est la cause même du port.
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